Mesoamérica alberga todas las especies de vegetación tropical. El paisaje marcante de las costas en las zonas de lagunas de clima húmedo son los intrincados mangles; en las islas coralinas de las Bahamas o Barbados, los cocotales. En las zonas de barlovento de los valles del Atlántico crecen también pluviselvas tropicales siempreverdes cuando cuentan con las condiciones climáticas pertinentes. Ricas en epífitos y frondosos sotobosques, esta región del Atlántico es prácticamente inextricable por lo que cuenta con una densidad demográfica bastante baja.  Al norte de los altiplanos se extiende la prolongación de la meseta calcárea de Yucatán —El Petén una selva pluvial trópico-húmeda con sabanas gramíneas y coníferas en una depresión de 500 m. En el talud septentrional del Pacífico se extiende una faja entre 1.500 y 1.800 m de pluviselvas tropicales y subtropicales desde el sur de México atravesando Guatemala hasta El Salvador. Bosques secos, chaparrales y sabanas dominan el paisaje llano de las costas de Guatemala hasta Panamá. La vegetación natural de esta zona ha sido mucho más afectada por la acción antrópica que la enmarañada región atlántica. Florestas siempreverdes y bosques coníferos pueblan las regiones elevadas. Los altiplanos internos de Guatemala, Nicaragua y Panamá se caracterizan por las sabanas de zarzas y los bosques secos caducifolios, además de los suelos estériles y carstificados de la península de Yucatán y Cuba en los lados de sotavento de las sierras y en las islas planas. Ahí se halla la línea divisoria entre la flora norteamericana (Holártica) y la suramericana (neotrópica) a la altura del lago de Nicaragua que cumple hasta el plioceno una función importante como estrecho marítimo. | 
