Eine vor allem in den tropischen Regionen wichtige Einteilung der Flüsse erfolgt nach der Farbe ihres Wassers. Diese steht für den Sediment- und Nährstoffgehalt der Flüsse, und diese sind wiederum von der Lage der Quellregion bzw. den geologisch-geomorphologischen Verhältnissen im Einzugsbereich abhängig. Man unterscheidet Weißwasser-, Schwarzwasser- und Klarwasserflüsse. Die Unterscheidung dieser verschiedenen Flusstypen wurde der interessierten Öffentlichkeit bekannt, als Alexander von Humboldt von der erfolgreichen Suche nach der Cassiquiare-Bifurkation, einer natürlichen Verbindung des Orinoco- und Amazonas-Flussregimes berichtete. Der Cassiquiare weist zur einen Hälfte nährstoffarmes Schwarzwasser aus dem Guayana-Bergland auf, zu anderen Hälfte nährstoffreiches Weißwasser aus den Ebenen der venezolanischen Llanos. Um nicht von den Moskitos zerstochen zu werden, die ausschließlich über dem für sie vorteilhaften Weißwasser umherschwirrten, zog Humboldt die Fahrt durch das mückenfreie Schwarzwasser vor.
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