Für die Patres war die musikalische Unterweisung besonders wichtig. Sie erkannten nämlich, dass die Indígenas für die Musik besonders zugänglich und zudem besonders begabt waren. Ebenso wie die Jesuitenpatres versuchten daher auch die Patres in Guarayos, über die Musik die Indígenas für die christliche Religion zu gewinnen. Dies kam nicht nur in der musikalischen Unterweisung in den „Escuelas superiores“ zum Ausdruck, sondern auch in der Gründung von Musikkapellen und Gesangsschulen. In diese wurden sowohl Kinder als auch Erwachsene eingebunden. Allerdings konnten in den Musikkapellen keine Mädchen oder Frauen mitspielen.
Das musikalische Repertoire setzte sich dabei aus Musikstücken zusammen, die die Patres von ihren Heimatländern her kannten und teilweise (bei den Gesängen) ins Guarayo oder ins Spanische übersetzten. Es wurde aber auch versucht, traditionelle Gesänge und Melodien der Guarayos festzuhalten und diese ins religiöse Leben mit einfließen zu lassen. Die Musikerziehung in der Mission Urubichá hatte einen besonders guten Ruf. | 
