Bereits im 17. Jahrhundert gründeten die Franziskaner in Amerika Missionskollegien. In Bolivien entstanden sie im 18. Jahrhundert in Zusammenhang mit der Missionierung der Tieflandstämme. Die Missionskollegien wiesen nämlich für eine „effiziente“ Missionierung Vorteile auf. Sie verfügten über ein Schulungszentrum für Neu-Missionare und stellten zugleich für die Alt-Missionare einen Ort der physischen und spirituellen Erneuerung dar. In den Missionskollegien kam es daher zu einem Austausch zwischen Alt- und Neu-Missionaren, der der Missionierung dienlich war. In methodischer Hinsicht wandten die Missionskollegien das Reduktionssystem an.
In organisatorischer Hinsicht genossen sie eine gewisse Selbständigkeit. Sie gehörten keiner Ordensprovinz an und waren daher auch nicht vom Ordensgeneral abhängig, sondern über sie gebot ein vom Ordensgeneral eingesetzter Generalkommissär.
Da die Missionskollegien keiner Ordensprovinz angehörten, mussten sie selbst Personal anwerben. Dies erfolgte über einen Kollektor, der sich je nach Bedarf nach Europa begab, um Patres oder Anwärter zu gewinnen. An der Spitze eines Missionskollegs stand ein Guardian, eine wichtige Amtsperson war auch der Missionspräfekt.
Die Vorreiterrolle für das Entstehen von Missionskollegien in Bolivien spielte das Kloster von Tarija. Es wurde im Jahre 1755 in ein Missionskolleg umgewandelt und sammelte wichtige Erfahrungen bei der Missionierung der Chiriguanos. Weitere Kollegien entstanden in Potosí, Sucre, La Paz und Tarata. Der Schwerpunkt der Missionierung lag im Tiefland. | 
