Bis ins 17. Jahrhundert konnten die Guarayos wahrscheinlich ein von den kolonialisierenden und missionierenden Mächten unbehelligtes Leben führen. Am Beginn der „Eroberung“ standen sporadische Kontakte zu Religiosen und zu weltlichen Amtspersonen. Zur Gründung von Missionsdörfern, was als Voraussetzung für eine Missionierung galt, kam es Ende des 18. Jahrhunderts durch den Weltgeistlichen Gregorio Salvatierra. Diese hatten aber nicht lange Bestand, da die Guarayos häufig flüchteten und zu ihrem ursprünglichen Leben zurückkehrten.
Im Jahre 1823 wurde die Missionierung der Guarayos offiziell dem Missionskolleg Tarata übertragen. Nun begann eine Missionierung nach franziskanischen Grundsätzen (Die Missionierungsmethode) (z.B. Studium der Indígena-Sprache).
Im Zuge des Unabhängigkeitskrieges mussten fast alle Franziskaner die Missionen verlassen, nur Francisco Lacueva konnte bleiben und wurde von Weltgeistlichen unterstützt. Erst im Jahre 1840 erhielt er Verstärkung durch zwei Patres des Missionskollegs Sucre (diese traten 1847 zum Missionskolleg Tarata über), Manuél Viudez und José Cors. Sie reglementierten das Missionsleben und dehnten den Einflussbereich unter den Guarayos aus. Das Reduktionsmodell, nach dem in Guarayos gearbeitet wurde, nahm nun konkretere Formen an. Verschiedene Gründe (z.B. ungünstige naturräumliche Bedingungen) zwangen die Patres aber immer wieder zu Umsiedlungen. Erst in den 70er Jahren waren diese abgeschlossen. Zu den Missionen unter den Guarayos gehörten zu diesem Zeitpunkt die vier Missionsdörfer Yotaú, Ascensión, Urubichá, Yaguarú. | 
