 
Poma de Ayala widmet einen großen Teil seiner Chronik den Herrschaftsverhältnissen im kolonialen Peru. Er beschreibt und kritisiert u.a. die Institution der encomienda, die in ganz Lateinamerika etabliert worden war. Eine encomienda war ein zeitlich begrenzter treuhänderischer Besitztitel, der von der Krone an bestimmte Personen vergeben wurde. Eine encomienda gestattete ihrem Inhaber, Tribute und Arbeitsleistungen der Indianer bis zu einer gewissen Grenze für die eigenen Zwecke in Anspruch zu nehmen - als Gegenleistung hatte er ihre heidnischen Seelen zum Christentum zu bekehren.
Eine (juristisch) ähnliche Institution stellte die redución dar, die von Vertretern der Kirche betrieben wurden. Hier stand zwar der Aspekt der Missionierung ideologisch im Vordergrund, die Reduktionen wurden jedoch (auch) als profitträchtige Wirtschaftsberiebe geführt, auf denen die Indianer zu Tribut und Arbeitsleistung verpflichtet waren.
Diese Art von Besitz und Verwaltung wurde Schritt für Schritt von der hacienda verdrängt: Sie beruhte auf dem Eigentum an Grund und Boden, Arbeitskräfte wurden durch den Besitzer rekrutiert - z.B. durch Arbeitsverträge mit der indianischen Bevölkerung oder durch den Ankauf von Sklaven (Wolf 1986: 207 - 210).
Poma de Ayala prangert generell das Herrschaftssystem an, vor allem aber die "schlechte Regierung", d.h. den Mißbrauch von Macht und die brutale Ausbeutung und Mißhandlung der indianischen Bevölkerung durch die spanischen Kolonialherren (vgl. Adorno 1986, Steiner 1992). | 
